Základem činnosti IS ČR je práce v Pracovních komisích/skupinách, které jsou odbornými poradními orgány Výkonného výboru a Pléna IS ČR, řešícími úkoly podle svého zaměření a připravujícími podklady pro jednání Výkonného Výboru a Pléna. Činnost IS ČR vychází z práce stálých pracovních komisí, stálé pracovní skupiny pak plní funkci integrační.
Stálé odborné komise:
- pro oblast komerční výuky
- pro oblast spolkové výuky
- pro oblast školní výuky
Stálé odborné pracovní skupiny:
- pro oblast metodickou
- pro oblast kvalifikací
Specializované pracovní komise
- pro oblast snowboardingu
- pro oblast zdravotně postižených sportovců